2007年财政年度，日本最惠国关税简单平均税率为5.1％，其中农产品简单平均税率为21.8％，非农产品简单平均税率为2.6％。2008年，日本大幅取消对中国产品的特惠关税，主要针对水产品、厨房用品和家用品。具体包括：HS编码第1604.19ex的其他成品鱼(鳗鱼及肢节类以外的鱼)(只限定于整条鱼以及断片状的鱼，切成细长状的鱼除外);HS编码第1605.902(3)ex的成品软体动物(熏制品以外的产品，乌贼、鲍鱼以及贝柱以外的产品)(密封容器包装以外的产品);HS编码第2836.201的苏打灰;HS编码第6912.00的陶瓷制餐桌用品、厨房用品等其他的家庭用品以及其他盥洗用陶器;HS编码第8213.00的剪刀、缝纫用刀以及204 国别贸易投资环境报告2009其他与此类似的剪刀及刀;HS编码第8215.99的调羹、叉子以及其他与此类似的厨房用品及餐桌用品;HS编码第9404.90的寝具以及与此类似的产品(除了床垫和睡袋)(限定于带弹簧的产品、以任何材料为填充物或者内部塞有东西的产品以及发泡橡胶或者发泡塑料制品)。
关税高峰
2008年，日本仍对农产品和鞋类征收较高的关税，例如奶及奶制品35％，海藻类40％，香蕉、柚子40％，糖类35％，口香糖30％，可可粉、巧克力35％，面点35％，果酱40％，桃子罐头35％，番茄汁、葡萄汁35％，咖啡茶等35％外加从量税，发酵酒饮料、烟草35％。鞋类关税为20％—30％，其中皮鞋高达60％。日本对纺织品也征收10％—20％的关税。中国对日出口产品中包括上述大部分高关税产品，日本的关税高峰给中国出口企业带来不利影响。
关税配额
目前，日本对大米、大麦和小麦、乳制品、生丝等农产品进口实行关税配额管理，对配额外进口实行高关税。配额外进口原则上实行自由贸易，但由于高额关税大大削弱进口产品的竞争力，导致配额外的一般进口数量极少。配额内进口部分往往对品种、价格、国别、用途等均有限制，以大米为例，日本政府招标时以长粒米为主，中国大米所占比重很少，美国大米份额占50％—60％，导致中国大米难以对日出口。另外日本对皮革、皮鞋等制成品也实施关税配额制度。日本关税配额管理程序复杂，透明度有待提高。例如，日本以经验不足为由拖延公布配额分配结果，或仅公布获得配额的企业名单，但不标明各企业获得的配额数量，致使配额申请人无法通过横向比较来评估分配结果的公正性。中国希望日本提高关税配额管理制度的透明度。
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