1863 年6月,幕府被迫宣布攘夷,随之发生了美、法军舰进攻下关,英国舰队进攻萨摩藩的事件。1865年春,长州藩尊王攘夷派领袖高杉晋作提出开港讨幕的战略,决定不再提攘夷,转向武装倒幕,并与萨摩藩结成秘密军事同盟。与此同时,英国也权衡利害,改变策略,援助倒幕派。幕府方面则投靠法国,于1866 年7月发动第二次征讨长州藩的战争。此时人民起义风起云涌,沉重打击幕府。长州藩联合倒幕势力英勇抗击,同年9月迫使幕府撤军。
1867 年孝明天皇死,太子睦仁亲王(即明治天皇)即位,倒幕势力积极结盟举兵。11月8日,天皇下达讨幕密敕。9日幕府将军德川庆喜奏请“奉还大政”,同时却在大阪集结精兵,企图反叛。1868年(戊辰年)1月3日,天皇发布《王政复古大号令》,废除幕府 ,令德川庆喜“辞官纳地”。8日及 10日,德川庆喜在大阪宣布“ 王政复古大号令 ”为非法。1月27日,以萨、长两藩为主力的天皇军 5000人,在京都附近与幕府军1.5万人激战(鸟羽、伏见之战),德川庆喜败走江户。戊辰战争由此开始。天皇军大举东征,迫使德川庆喜于1868 年5月3日交出江户城,至11月初平定东北地区叛乱诸藩。1869年春,天皇军出征北海道,于6月27日攻下幕府残余势力盘踞的最后据点五畯廓(在函馆),戊辰战争结束。
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